Ιστορία του σχολείου

Το 2ο Γυμνάσιο Αγίου Νικολάου ιδρύθηκε το 1985.
«Από τη διεύθυνση του 2ου Γυμνασίου Αγίου Νικολάου ανακοινώνεται ότι ο καθιερωμένος αγιασμός επί τη ενάρξει του νέου σχολικού έτους θα γίνει την Τετάρτη 11 Σεπτεμβρίου (1985), στις 4 το απόγευμα. 
           Σήμερα θα τοιχοκολληθούν οι πίνακες των μαθητών που θα εγγραφούν στο 2ο Γυμνάσιο Αγίου Νικολάου μετά την κλήρωση που έγινε χτες το απόγευμα.» 
(απόσπασμα από την καθημερινή εφημερίδα του νομού Λασιθίου «ΑΝΑΤΟΛΗ», 10/09/1985)
Πώς είδε ο τοπικός τύπος την ίδρυση του 2ου Γυμνασίου Αγίου Νικολάου:
           «Δύο Γυμνάσια φέτος στην πόλη μας… 
Από το νέο σχολικό έτος θα έχουμε 2 Γυμνάσια : το 1o και το 2ο, τα οποία θα μοιραστούν τους μαθητές του παλαιού Γυμνασίου. 
            Αποφασίστηκε να μην γίνει χωρική κατανομή των δύο Γυμνασίων, δηλαδή να μην χωριστεί η πόλη στα δύο. Η κατανομή των μαθητών στα δύο Γυμνάσια θα γίνει με αντικειμενικά κριτήρια. Δηλαδή: όλοι οι μαθητές θα γραφούν σε ένα κατάλογο κατ’ απόλυτη αλφαβητική σειρά και θα αριθμηθούν κατ’ αύξοντα αριθμό. Όσοι θα έχουν μονό αριθμό θα πάνε στο ένα Γυμνάσιο και όσοι θα έχουν ζυγό θα πάνε στο άλλο.             Και για να ολοκληρωθεί το αδιάβλητο, θα γίνει η κλήρωση για να βρεθεί σε ποιο Γυμνάσιο θα πάνε οι «μονοί» και σε ποιο οι «ζυγοί». Η κλήρωση αυτή, όπως ανακοινώνεται σε άλλη στήλη, θα γίνει την ερχόμενη Δευτέρα, παρουσία εκπροσώπων των υπηρεσιών και των γονέων. Στο σημείο αυτό ίσως χρειάζεται μία διευκρίνιση:  
 και τα δύο σχολεία θα είναι ισότιμα, και τα δύο σχολεία θα έχουν το ίδιο έμπειρο διδακτικό προσωπικό, και τα δύο σχολεία θα παρέχουν τις ίδιες ευκαιρίες μαθήσεως. Αν γίνονται κατάλογοι και κληρώσεις, αυτό συμβαίνει για να μην υπάρξει η παραμικρή μεμψιμοιρία, απ’ αυτές που συνοδεύουν τη δημιουργία νέων σχολείων. 
(απόσπασμα από την καθημερινή εφημερίδα του νομού Λασιθίου «ΑΝΑΤΟΛΗ» 04/09/1985)
           Έχοντας να αντιμετωπίσουμε ως σημαντικότερο πρόβλημα το κτιριακό:
Το σχολείο μας τα πρώτα χρόνια λειτουργίας του  στεγάστηκε σε αίθουσες του πρώτου δημοτικού. Αυτό είχε ως  αποτέλεσμα τα μαθήματα να γίνονται απόγευμα. Αργότερα στεγάστηκε σε λυόμενες αίθουσες στον Ξηρόκαμπο μέχρι την ολοκλήρωση της κατασκευής του κτιρίου στο οποίο στεγάζεται σήμερα (1992). Από το 2011 συστεγάζεται με το νεοσύστατο 3ο Γυμνάσιο.